随着肿瘤的不断增大，可能会破坏覆盖在其上方的鞍隔及鞍上池表面的蛛网膜，肿瘤切除后，鞍隔塌陷，失去了原来肿瘤的阻挡，脑脊液可能会顺着受损的蛛网膜、鞍隔进入蝶窦，从鼻腔流出，术中我们会根据脑脊液漏的程度，采用人工硬膜、脂肪等料进行修补，防止术后脑脊液漏，漏液的风险是颅内积气以及鼻腔内细菌逆行进入颅内导致感染。肿瘤切除后形成的残腔创面会有不同程度的渗血，通常我们会填塞纤丝、止血海绵等材料压迫止血，但是有的患者残腔出血凶猛，尤其是鞍隔菲薄或不完整者，容易出现术后血肿。
经鼻蝶垂体瘤术后最需注意、最严重的并发症是肿瘤残腔出血，脑脊液漏。其他还有垂体功能低下，尿崩，电解质紊乱等。